Se situant six ans après les événements de Snake Eater, Portable Ops revient sur les faits de ce dernier tout en nous jetant en pâture à un certain Gene, commandant d'une section composée d'anciens soldats FOX, et bien décidé à rompre la fragile paix existant entre les Américains et Soviétiques. L'histoire est une fois de plus à la hauteur, l'ensemble est moins scénarisé et audacieux que MGS 3 mais on reste dans un contexte politiquo-hollywodien affiché, marque de fabrique de la saga.